Les commissions territoriales, ou COMITER, sont des instances de sous-bassin. Elles proposent au comité de bassin des priorités d’action, et veillent à l’application de la politique de l’eau sur leur territoire.
Le bassin Seine Normandie est composé de 6 commissions territoriales : Seine Amont, Vallées de Marne, Vallée d’Oise, Seine Francilienne, Seine Aval et Bocages Normands.