Sur le Petit Gland, cours d'eau de 1ʳᵉ catégorie aux confins de l'Aisne et des Ardennes, un ancien seuil de moulin bloquait la continuité écologique, au détriment de la truite fario et de la Mulette épaisse, classée vulnérable par l'UICN. En 2022, la Fédération de pêche de l'Aisne a effacé l'ouvrage et préservé une zone humide attenante.
Sur la Drouette, à Épernon, le moulin de la Savonnière avait disparu depuis les années 80, mais ses maçonneries subsistaient — une chute de 0,77 m suffisante pour rendre le cours d'eau infranchissable. Sur cette rivière de 1ʳᵉ catégorie inscrite en liste 2, ces vestiges restaient un obstacle réglementaire et écologique à traiter.
Sur la Vère, dans l'Orne, le seuil de l'usine de Trolley n'avait plus d'usage économique, mais détournait encore en étiage l'essentiel du débit vers un bief, rendant le cours d'eau infranchissable. La Fédération de pêche de l'Orne a effacé l'ouvrage pour rétablir la continuité écologique sur cette rivière classée en listes 1 et 2.
Le 3 août 2018, un déversement massif de vinasse depuis une usine d'Origny-Saint-Benoîte a provoqué une anoxie sur plusieurs kilomètres de l'Oise, tuant l'ensemble des espèces piscicoles jusqu'à la confluence avec la Serre. La Fédération de pêche de l'Aisne a engagé une procédure judiciaire et obtenu la restauration de deux annexes hydrauliques en réparation.
En septembre 2019, le déversement de 20 000 litres d'azote près de Vauxbuin a provoqué une mortalité piscicole massive sur la Crise, cours d'eau déjà fragilisé. En réparation, la Fédération de pêche de l'Aisne a restauré les tronçons touchés et l'annexe hydraulique adjacente, pour reconstituer les habitats de reproduction et d'alimentation.
À Ménilles, un fossé du lit majeur de l'Eure présentait toutes les caractéristiques d'une frayère à brochet, mais un merlon vaseux le déconnectait totalement du cours d'eau, y compris en crue, risquant de piéger les poissons plutôt que de les accueillir. Après une étude en 2021-2022, la Fédération de pêche de l'Eure a restauré cette zone humide.
Sur l'Iton, un ouvrage abandonné provoquait débordements, érosion de berges et blocage des poissons. En 2022, la Fédération de pêche de l'Eure a dérasé l'ouvrage pour restaurer la continuité écologique.
Créé au XIIIe siècle et labellisé Espace Naturel Sensible en 2016, l'étang de Marcenay, en Côte-d'Or, est cogéré par le Conservatoire des Espaces Naturels de Bourgogne et la Fédération de pêche, selon une approche patrimoniale peu interventionniste. Une vidange périodique, tous les quatre à cinq ans, joue un rôle clé dans l'équilibre écologique du site.
Sur la Charentonne, rivière à truites de l'Eure, le piétinement bovin sur les berges du Moulin Fouret avait dégradé ripisylve, substrat et habitats de reproduction de la truite fario. La Fédération de pêche de l'Eure a restauré 1 427 mètres de berges, en lien avec l'AAPPMA de Bernay.
Dans l'Oise, les frayères à truite fario souffrent d'un colmatage progressif qui prive l'espèce des substrats caillouteux et oxygénés indispensables à son nid. La Fédération de pêche a lancé en 2024 un programme départemental de restauration des frayères à salmonidés, en appui aux actions déjà menées par les AAPPMA locales.
