Berges érodées par le piétinement bovin, ripisylve absente, lit élargi et surchauffé : un tronçon de l'Aube à Auberive concentrait des dysfonctionnements écologiques menaçant directement les espèces salmonicoles de cette rivière de tête de bassin. En 2023, la Fédération de pêche de la Haute-Marne et l'AAPPMA locale se sont mobilisées pour engager des travaux de mise en défens et protéger les berges du passage du bétail.
Rectifiée, recalibrée, déconnectée de ses zones humides : la Verse, affluent de l'Oise, porte les stigmates de décennies de travaux hydrauliques qui ont appauvri ses habitats naturels. Sur un secteur particulièrement touché par l'érosion régressive, la Fédération de pêche de l'Oise s'est portée maître d'ouvrage pour engager des travaux de reméandrage et redonner à la rivière sa dynamique naturelle.
Le 9 août 2020, un rejet massif de boues industrielles a tué plus de 3 tonnes de poissons sur 12 kilomètres de l'Aisne, dans les Ardennes, dont de nombreux brochets, espèce déjà classée vulnérable par l'UICN. Face à cette catastrophe, la Fédération de pêche des Ardennes a lancé dès 2021 un inventaire complet des annexes hydrauliques du département, première étape d'un programme pluriannuel de restauration écologique.
Sur l'Eaulne, rivière à saumons et truites de mer du pays de Bray, un seul ouvrage bloquait l'accès à 56 % de la surface de production piscicole du cours d'eau, soit plus de 30 kilomètres de frayères inaccessibles aux migrateurs. En 2015, la Fédération de pêche de la Seine-Maritime et le Syndicat du bassin versant de l'Arques ont lancé un projet de restauration visant à rétablir l'Eaulne dans son lit d'origine.
Sur le Petit Gland, cours d'eau de 1ʳᵉ catégorie aux confins de l'Aisne et des Ardennes, un ancien seuil de moulin à l'abandon bloquait la continuité écologique et sédimentaire, au détriment de la truite fario, mais aussi de la Mulette épaisse, moule d'eau douce classée vulnérable par l'UICN. En 2022, la Fédération de pêche de l'Aisne a engagé l'effacement de l'ouvrage et la préservation d'une zone humide attenante.
Sur la Drouette, à Épernon, le moulin de la Savonnière avait disparu depuis les années 80, mais ses maçonneries subsistaient, avec une hauteur de chute de 0,77 m suffisante pour rendre le cours d'eau infranchissable aux poissons migrateurs. Sur une rivière de 1ʳᵉ catégorie inscrite en liste 2, ces vestiges constituaient encore un obstacle réglementaire et écologique à traiter.
Sur la Vère, dans l'Orne, le seuil de l'usine de Trolley n'avait plus aucun usage économique, mais détournait encore en étiage une part essentielle du débit vers un bief, rendant le cours d'eau infranchissable aux espèces migratrices. La Fédération de pêche de l'Orne a lancé un projet d'effacement de l'ouvrage pour rétablir la continuité écologique sur cette rivière classée en listes 1 et 2.
Le 3 août 2018, un déversement massif de vinasse depuis une usine d'Origny-Saint-Benoîte a provoqué une anoxie sur plusieurs kilomètres de l'Oise, tuant l'ensemble des espèces piscicoles jusqu'à la confluence avec la Serre. La Fédération de pêche de l'Aisne a engagé une procédure judiciaire et obtenu, en réparation du préjudice écologique, la restauration de deux annexes hydrauliques sur ce tronçon fortement artificialisé.
En septembre 2019, le déversement de 20 000 litres d'azote près de Vauxbuin a provoqué une mortalité piscicole massive sur la Crise, cours d'eau déjà fragilisé par une hydrologie dégradée. En réponse à ce préjudice écologique, la Fédération de pêche de l'Aisne a engagé un projet de restauration des tronçons touchés et de réhabilitation de l'annexe hydraulique adjacente, afin de reconstituer les habitats de reproduction et d'alimentation des espèces piscicoles.
À Ménilles, un fossé du lit majeur de l'Eure présentait toutes les caractéristiques d'une frayère à brochet (végétation favorable, configuration adaptée), mais un merlon vaseux le déconnectait totalement du cours d'eau, y compris en crue, risquant de piéger les poissons plutôt que de les accueillir. À l'issue d'une étude menée entre 2021 et 2022, la Fédération de pêche de l'Eure a lancé un projet de restauration de cette zone humide.
