La Romanée, classée en listes 1 et 2 au titre de l'article L214-17 du code de l'environnement, joue un rôle de réservoir biologique où les espèces peuvent accomplir l'ensemble de leur cycle de vie. Un projet a permis l'effacement de l'étang de Bussières pour rétablir la libre circulation des poissons et des sédiments.
La ripisylve offre des abris pour la faune piscicole et une grande diversité d'habitats ; les racines des arbres participent au maintien des berges et à l'épuration de l'eau. Sur l'Yonne, à Corbigny, dans la Nièvre, un projet a permis de restaurer cette ripisylve indispensable à la vie du cours d'eau.
Les géniteurs de brochets se reproduisent dans des zones humides fonctionnelles, connectées au cours d'eau et submergées une partie de l'année, mais l'anthropisation des milieux aquatiques a fait perdre cette connectivité à plusieurs zones alluviales de l'Aube et de la Seine, aujourd'hui restaurées.
La continuité écologique, c'est la libre circulation des poissons et des sédiments, mise à mal par la présence de barrages ou de buses sur les cours d'eau. Pour la rétablir sur la Soude et la Somme-Soude, un projet de restauration a été engagé dans la Marne.
L'Armance, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dont le brochet est l'espèce repère, a besoin de zones humides fonctionnelles pour la reproduction de l'espèce. La Fédération de pêche de l'Aube a restauré la continuité latérale entre le cours d'eau et une frayère à Avreuil.
Le ruisseau du Vivier, de première catégorie piscicole, présente une bonne qualité d'eau, mais le piétinement régulier du bétail dégrade son hydromorphologie : érosion des berges, absence de ripisylve, incision du lit. Un projet de restauration a été engagé à Andelot-Blancheville, en Haute-Marne.
Pour se reproduire, la truite fario recherche des zones peu profondes, bien oxygénées, au courant vif, avec un substrat de petits cailloux et de graviers. Pour restaurer ces habitats de reproduction, la Fédération de pêche de la Nièvre a mené des travaux de continuité écologique sur cinq affluents de l'Yonne.
Le Rétin, cours d'eau de première catégorie piscicole en Haute-Marne, a un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, son espèce repère. Sur les conseils de la Fédération de pêche du département, une restauration hydromorphologique a été engagée à Courcelles-sur-Blaise.
Les AAPPMA ont notamment pour rôle de signaler aux fédérations départementales les tronçons dégradés nécessitant une restauration. C'est dans ce cadre que la Fédération de la Haute-Marne a engagé la restauration hydromorphologique du ruisseau des Petites Varennes.
Entre 2011 et 2012, des pêcheurs ont régulièrement signalé à la Fédération de l'Yonne l'encombrement d'un tronçon de la Cure, rivière de première catégorie piscicole entre Nièvre et Yonne où la truite fario est l'espèce repère. Un chantier de gestion des embâcles a été engagé.
