Le 9 août 2020, un rejet massif de boues industrielles a tué plus de 3 tonnes de poissons sur 12 km de l'Aisne, dans les Ardennes, dont de nombreux brochets, déjà classés vulnérables par l'UICN. Dès 2021, la Fédération de pêche des Ardennes a lancé un inventaire des annexes hydrauliques, premier pas d'un programme pluriannuel de restauration.
À Ménilles, un fossé du lit majeur de l'Eure présentait toutes les caractéristiques d'une frayère à brochet, mais un merlon vaseux le déconnectait totalement du cours d'eau, y compris en crue, risquant de piéger les poissons plutôt que de les accueillir. Après une étude en 2021-2022, la Fédération de pêche de l'Eure a restauré cette zone humide.
Sur l'Iton, un ouvrage abandonné provoquait débordements, érosion de berges et blocage des poissons. En 2022, la Fédération de pêche de l'Eure a dérasé l'ouvrage pour restaurer la continuité écologique.
Créé au XIIIe siècle et labellisé Espace Naturel Sensible en 2016, l'étang de Marcenay, en Côte-d'Or, est cogéré par le Conservatoire des Espaces Naturels de Bourgogne et la Fédération de pêche, selon une approche patrimoniale peu interventionniste. Une vidange périodique, tous les quatre à cinq ans, joue un rôle clé dans l'équilibre écologique du site.
Truite de mer, lamproie marine, anguille, saumon atlantique : la Risle, dernier affluent de la Seine avant l'estuaire, est une autoroute migratoire longtemps bloquée par des ouvrages infranchissables. Depuis l'aménagement de l'ouvrage de la Madeleine fin 2021, la Fédération de pêche de l'Eure a installé une station de comptage STACOMI pour mesurer la reconquête du bassin.
Sur la Rhône, affluent de l'Huisne aux confins de l'Orne et de l'Eure-et-Loir, deux ouvrages condamnaient la circulation de la truite fario et de l'anguille européenne. La Fédération de pêche d'Eure-et-Loir a démantelé le vannage de la Pitarnière, dont le droit d'eau avait été abrogé en 2016, pour restaurer la continuité écologique du cours d'eau.
La crue de juin 2016 a eu raison du moulin de l'Écluse, sur l'Eure : vanne détruite, ouvrage resté ouvert plus d'un an, baisse de la ligne d'eau et rétrécissement du lit. Le nouveau propriétaire favorable à l'abrogation du droit d'eau, la Fédération de pêche d'Eure-et-Loir a restauré 700 mètres de cours d'eau.
Sur la Selle, réservoir biologique réputé pour sa truite fario et sa lamproie de Planer, le moulin de Saint-Martin-Rivière a disparu depuis longtemps, mais son seuil est resté dans le lit, perturbant la rivière 250 ans après sa construction. La Fédération de pêche de l'Aisne a engagé un bras de contournement pour rétablir la dynamique naturelle du cours d'eau.
Étiages sévères, assecs récurrents, débits en chute : les cours d'eau de l'Aisne subissent de plein fouet le dérèglement climatique. Pour concilier bon état écologique et usages agricoles, industriels et urbains, la Fédération de pêche a entrepris de mesurer des débits biologiques d'étiage, une donnée quasi absente du département.
Sur le domaine du château des Ravalet, près de Cherbourg, le Trottebec alimentait depuis des siècles les douves via un bief dérivé, au prix d'une continuité écologique compromise par plusieurs ouvrages abandonnés. Vingt ans de réflexion ont abouti en 2020 à un projet porté par la Fédération de pêche de la Manche : concilier circulation piscicole et patrimoine classé.
