Le Rû du Vigneux, affluent rive droite de la Serre dans l'Aisne, a été identifié comme ruisseau pépinière pour la reproduction d'espèces de première catégorie, notamment la truite fario, qui se reproduit dans des zones peu profondes à courant modéré. Une restauration hydromorphologique y a été engagée.
L'Armance, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dont le brochet est l'espèce repère, a besoin de zones humides fonctionnelles pour la reproduction de l'espèce. La Fédération de pêche de l'Aube a restauré la continuité latérale entre le cours d'eau et une frayère à Avreuil.
Le ruisseau du Vivier, de première catégorie piscicole, présente une bonne qualité d'eau, mais le piétinement régulier du bétail dégrade son hydromorphologie : érosion des berges, absence de ripisylve, incision du lit. Un projet de restauration a été engagé à Andelot-Blancheville, en Haute-Marne.
D'anciens travaux de recalibrage et un manque d'entretien de la végétation rivulaire ont dégradé l'hydromorphologie de l'Auxois, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dans la Nièvre : colmatage du substrat, incision du lit mineur. Une restauration a été engagée à Ruages pour y remédier.
La Cousances, cours d'eau de première catégorie piscicole dans la Meuse, accueille loche franche, vairon et truite fario, son espèce repère. La reproduction naturelle n'y étant plus suffisante depuis plusieurs années, une restauration hydromorphologique a été engagée à Souilly.
Le Rétin, cours d'eau de première catégorie piscicole en Haute-Marne, a un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, son espèce repère. Sur les conseils de la Fédération de pêche du département, une restauration hydromorphologique a été engagée à Courcelles-sur-Blaise.
Le Flabusieux, affluent de l'Aire classé en première catégorie piscicole, dans la Meuse, subissait plusieurs perturbations anthropiques dommageables pour son hydromorphologie. La Fédération de la Meuse pour la pêche a entrepris dès 2014 des travaux de restauration pour y remédier.
