Sur la Drouette, à Épernon, le moulin de la Savonnière avait disparu depuis les années 80, mais ses maçonneries subsistaient, avec une hauteur de chute de 0,77 m suffisante pour rendre le cours d'eau infranchissable aux poissons migrateurs. Sur une rivière de 1ʳᵉ catégorie inscrite en liste 2, ces vestiges constituaient encore un obstacle réglementaire et écologique à traiter.
Sur la Vère, dans l'Orne, le seuil de l'usine de Trolley n'avait plus aucun usage économique, mais détournait encore en étiage une part essentielle du débit vers un bief, rendant le cours d'eau infranchissable aux espèces migratrices. La Fédération de pêche de l'Orne a lancé un projet d'effacement de l'ouvrage pour rétablir la continuité écologique sur cette rivière classée en listes 1 et 2.
Le 3 août 2018, un déversement massif de vinasse depuis une usine d'Origny-Saint-Benoîte a provoqué une anoxie sur plusieurs kilomètres de l'Oise, tuant l'ensemble des espèces piscicoles jusqu'à la confluence avec la Serre. La Fédération de pêche de l'Aisne a engagé une procédure judiciaire et obtenu, en réparation du préjudice écologique, la restauration de deux annexes hydrauliques sur ce tronçon fortement artificialisé.
En septembre 2019, le déversement de 20 000 litres d'azote près de Vauxbuin a provoqué une mortalité piscicole massive sur la Crise, cours d'eau déjà fragilisé par une hydrologie dégradée. En réponse à ce préjudice écologique, la Fédération de pêche de l'Aisne a engagé un projet de restauration des tronçons touchés et de réhabilitation de l'annexe hydraulique adjacente, afin de reconstituer les habitats de reproduction et d'alimentation des espèces piscicoles.
À Ménilles, un fossé du lit majeur de l'Eure présentait toutes les caractéristiques d'une frayère à brochet (végétation favorable, configuration adaptée), mais un merlon vaseux le déconnectait totalement du cours d'eau, y compris en crue, risquant de piéger les poissons plutôt que de les accueillir. À l'issue d'une étude menée entre 2021 et 2022, la Fédération de pêche de l'Eure a lancé un projet de restauration de cette zone humide.
Sur l'Iton, rivière normande aux deux visages (aval salmonicole de bonne qualité, haut bassin karstique s'asséchant sur 8 km en étiage), un ouvrage hydraulique abandonné provoquait débordements, érosion de berges et blocage intermittent des poissons. En 2022, la Fédération de pêche de l'Eure a lancé un projet de dérasement pour restaurer la continuité écologique sur ce tronçon.
Classée en danger critique d'extinction par l'UICN, l'anguille européenne a vu ses populations chuter de 90 % en quelques décennies. Pour mieux comprendre la dynamique de cette espèce migratrice sur le bassin Seine-Normandie, l'association Seinormigr a déployé depuis 2010 un réseau de 120 stations de suivi scientifique, et l'étend désormais vers l'amont de la Seine, au gré des progrès de la continuité écologique.
Créé au XIIIe siècle et labellisé Espace Naturel Sensible en 2016, l'étang de Marcenay, en Côte-d'Or, est cogéré par le Conservatoire des Espaces Naturels de Bourgogne et la Fédération de pêche, selon une approche patrimoniale volontairement peu interventionniste. Tous les quatre à cinq ans, une vidange périodique vient ponctuer cette gestion, jouant un rôle clé dans le maintien de l'équilibre écologique du site.
Depuis l'arrêt de l'activité minière en 2004, l'Othain souffre d'un déficit chronique en eau, avec des assecs estivaux de plus en plus marqués. Pour évaluer l'impact de ces dysfonctionnements sur les habitats naturels, et notamment sur les annexes hydrauliques essentielles à la reproduction du brochet, la Fédération de pêche de la Meuse a conduit en 2024 une campagne d'inventaires et de diagnostics sur ce cours d'eau de la Meuse et de Meurthe-et-Moselle.
Sur la Charentonne, rivière à truites de l'Eure, le piétinement bovin sur les berges du site du Moulin Fouret avait progressivement dégradé ripisylve, substrat et habitats de reproduction, au détriment de la truite fario. Pour restaurer 1 427 mètres de berges, la Fédération de pêche de l'Eure s'est portée maître d'ouvrage délégué d'un projet de restauration hydromorphologique mené en lien avec l'AAPPMA de Bernay.
