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Truite de mer, lamproie marine, anguille, saumon atlantique : la Risle, dernier affluent de la Seine avant l'estuaire, est une autoroute migratoire, mais de nombreux ouvrages infranchissables contraignaient ces espèces à se reproduire dans un seul affluent, la Corbie. Depuis l'aménagement de l'ouvrage de la Madeleine fin 2021, la reconquête du bassin est engagée. Pour en mesurer les effets, la Fédération de pêche de l'Eure a installé une station de comptage STACOMI sur le bras de contournement des 7 Vannes.

Sur la Rhône, affluent de l'Huisne aux confins de l'Orne et de l'Eure-et-Loir, deux ouvrages hydrauliques condamnaient la circulation de la truite fario et de l'anguille européenne, les deux espèces repères du bassin. La Fédération de pêche d'Eure-et-Loir s'est portée maître d'ouvrage pour démanteler le vannage de la Pitarnière, dont le droit d'eau avait été abrogé en 2016, et restaurer la continuité écologique et sédimentaire du cours d'eau.

La crue de juin 2016 a eu raison du moulin de l'Écluse, sur l'Eure : une vanne détruite, deux autres bloquées, un ouvrage resté ouvert plus d'un an, entraînant baisse de la ligne d'eau et rétrécissement progressif du lit. Le nouveau propriétaire favorable à l'abrogation du droit d'eau, la Fédération de pêche d'Eure-et-Loir a saisi l'occasion pour porter un projet de restauration sur 700 mètres linéaires de cours d'eau.

Sur la Selle, réservoir biologique réputé pour sa truite fario et sa lamproie de Planer, le moulin de Saint-Martin-Rivière a disparu depuis longtemps, mais son seuil de 1750 cm de chute est resté dans le lit, perturbant encore la rivière 250 ans après sa construction. La Fédération de pêche de l'Aisne a engagé un projet de bras de contournement pour rétablir la dynamique naturelle du cours d'eau.