L'hydromorphologie d'un cours d'eau détermine la diversité des habitats disponibles pour la faune aquatique. Un projet de restauration a été engagé sur les communes de Virey-sous-Bar, Landreville et les Riceys, dans l'Aube.
La ripisylve, végétation qui pousse en bord de cours d'eau, joue un rôle important dans la préservation de leur hydromorphologie et la protection des berges. Conformément à l'article L215-14 du code de l'environnement, un entretien a été réalisé à Arleuf et Château-Chinon-Campagne, dans la Nièvre.
Le Flabusieux, affluent de l'Aire classé en première catégorie piscicole, dans la Meuse, subissait plusieurs perturbations anthropiques dommageables pour son hydromorphologie. La Fédération de la Meuse pour la pêche a entrepris dès 2014 des travaux de restauration pour y remédier.
La Laigne, cours d'eau de Côte-d'Or, voit son écoulement naturel et ses habitats piscicoles altérés par la pression humaine. C'est dans ce contexte qu'en juillet 2014, la Fédération de Côte-d'Or pour la pêche a engagé un premier chantier de restauration sur ce cours d'eau.
