En automne, les géniteurs de truite fario remontent les cours d'eau à la recherche de frayères peu profondes, à courant modéré, sur un substrat de graviers et de cailloux. Sur l'Ourcq, dans l'Aisne, l'habitat salmonicole a été restauré pour retrouver ces conditions de reproduction.
Le brochet, espèce emblématique de nos rivières, voit ses populations décliner, notamment à cause de la canalisation des cours d'eau et du dysfonctionnement des zones humides où il se reproduit. À Guise, dans l'Aisne, la Fédération de pêche a aménagé une frayère pour restaurer cet habitat.
D'anciens travaux de recalibrage et un manque d'entretien de la végétation rivulaire ont dégradé l'hydromorphologie de l'Auxois, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dans la Nièvre : colmatage du substrat, incision du lit mineur. Une restauration a été engagée à Ruages pour y remédier.
Pour se reproduire, la truite fario recherche des zones peu profondes, bien oxygénées, au courant vif, avec un substrat de petits cailloux et de graviers. Pour restaurer ces habitats de reproduction, la Fédération de pêche de la Nièvre a mené des travaux de continuité écologique sur cinq affluents de l'Yonne.
La Cousances, cours d'eau de première catégorie piscicole dans la Meuse, accueille loche franche, vairon et truite fario, son espèce repère. La reproduction naturelle n'y étant plus suffisante depuis plusieurs années, une restauration hydromorphologique a été engagée à Souilly.
Le silure glane, espèce indigène dans une grande partie de l'Europe, a disparu de France pendant plusieurs siècles avant de recoloniser le territoire via des déversements successifs. Une étude suit désormais ses déplacements à la passe à poissons du barrage du Carandeau, dans l'Oise.
Le ruisseau de Sardy, affluent de l'Yonne dans la Nièvre, reste une masse d'eau très peu documentée. La Fédération de la Nièvre pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique a engagé une étude pour en recenser le potentiel biologique et mieux orienter les actions de préservation à venir.
Le code de l'environnement définit la zone humide comme un terrain habituellement inondé ou gorgé d'eau, dont la végétation est dominée par des plantes hygrophiles. À La Fère, dans l'Aisne, une parcelle humide a été restaurée pour la faune phytophile qui y trouve refuge.
La Marne, cours d'eau de seconde catégorie piscicole, subit depuis longtemps chenalisation et construction de barrages. Le brochet, carnassier classé « vulnérable » sur la liste rouge de l'UICN, en pâtit particulièrement. Deux frayères ont été restaurées en rive droite de la Marne, dans l'Aisne.
Le brochet remonte les cours d'eau en hiver pour trouver, lors des crues printanières, un site de reproduction dans les annexes alluviales à faible courant, où les femelles pondent sur la végétation herbacée. Un ancien méandre de la Vesle, dans l'Aisne, a été restauré pour retrouver cette fonction.
