La ripisylve, végétation qui pousse en bord de cours d'eau, joue un rôle important dans la préservation de leur hydromorphologie et la protection des berges. Conformément à l'article L215-14 du code de l'environnement, un entretien a été réalisé à Arleuf et Château-Chinon-Campagne, dans la Nièvre.
Les zones humides rendent de nombreux services : qualité de l'eau, recharge des nappes phréatiques, régulation des flux hydriques, réservoir de biodiversité. Le brochet en a notamment besoin pour compléter son cycle de vie. L'annexe hydraulique des Fontaines, à Pignicourt, dans l'Aisne, a été restaurée pour retrouver cette fonction.
Le Dolloir, cours d'eau de première catégorie de l'Aisne, offre un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, mais reste cloisonné par une dizaine d'obstacles transversaux. Parmi eux, le seuil de l'ancienne pisciculture d'Essises a fait l'objet d'un projet de restauration de la continuité écologique.
Les zones humides rendent de nombreux services : qualité de l'eau, recharge des nappes phréatiques, régulation des flux hydriques, réservoir de biodiversité. Le brochet en a notamment besoin pour compléter son cycle de vie. Une annexe hydraulique de la Seine, dans l'Aube, a été restaurée pour retrouver cette fonction.
Le Flabusieux, affluent de l'Aire classé en première catégorie piscicole, dans la Meuse, subissait plusieurs perturbations anthropiques dommageables pour son hydromorphologie. La Fédération de la Meuse pour la pêche a entrepris dès 2014 des travaux de restauration pour y remédier.
La Dhuys, cours d'eau de l'Aisne à fort potentiel pour la reproduction des salmonidés, nécessite une remontée jusqu'aux frayères en tête de bassin versant pour que ces poissons accomplissent leur cycle de vie. L'ancien seuil du moulin de Ragrenet, obstacle à ces migrations, a été effacé.
La Laigne, cours d'eau de Côte-d'Or, voit son écoulement naturel et ses habitats piscicoles altérés par la pression humaine. C'est dans ce contexte qu'en juillet 2014, la Fédération de Côte-d'Or pour la pêche a engagé un premier chantier de restauration sur ce cours d'eau.
