L'hydromorphologie d'un cours d'eau détermine la diversité des habitats disponibles pour la faune aquatique. Un projet de restauration a été engagé sur les communes de Virey-sous-Bar, Landreville et les Riceys, dans l'Aube.
La Durdent, cours d'eau de première catégorie piscicole classé en liste 2 au titre de l'article L214-17, doit voir ses ouvrages gérés et équipés pour assurer la libre circulation des poissons. Une passe à poissons a été installée au moulin de Montmorency pour répondre à cette exigence.
À la fin des années 1990, la Fédération de l'Yonne constatait un déficit de frayères fonctionnelles pour le brochet. Deux frayères ont depuis été restaurées à Auxerre et Monéteau.
Le brochet, espèce emblématique de nos rivières, se reproduit dans des frayères — annexes hydrauliques latérales inondées de février à mai et riches en végétation herbacée. Une telle zone humide a été restaurée sur l'Armançon, à Tanlay, dans l'Yonne.
Pour se reproduire, le brochet rejoint des frayères, annexes humides du cours d'eau principal. Sur l'Yonne, la Fédération de pêche a constaté que très peu étaient fonctionnelles et en a dressé l'inventaire, avant de restaurer celle d'Appoigny.
La ripisylve, végétation qui pousse en bord de cours d'eau, joue un rôle important dans la préservation de leur hydromorphologie et la protection des berges. Conformément à l'article L215-14 du code de l'environnement, un entretien a été réalisé à Arleuf et Château-Chinon-Campagne, dans la Nièvre.
Les zones humides rendent de nombreux services : qualité de l'eau, recharge des nappes phréatiques, régulation des flux hydriques, réservoir de biodiversité. Le brochet en a notamment besoin pour compléter son cycle de vie. L'annexe hydraulique des Fontaines, à Pignicourt, dans l'Aisne, a été restaurée pour retrouver cette fonction.
Le Dolloir, cours d'eau de première catégorie de l'Aisne, offre un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, mais reste cloisonné par une dizaine d'obstacles transversaux. Parmi eux, le seuil de l'ancienne pisciculture d'Essises a fait l'objet d'un projet de restauration de la continuité écologique.
Les zones humides rendent de nombreux services : qualité de l'eau, recharge des nappes phréatiques, régulation des flux hydriques, réservoir de biodiversité. Le brochet en a notamment besoin pour compléter son cycle de vie. Une annexe hydraulique de la Seine, dans l'Aube, a été restaurée pour retrouver cette fonction.
Le Flabusieux, affluent de l'Aire classé en première catégorie piscicole, dans la Meuse, subissait plusieurs perturbations anthropiques dommageables pour son hydromorphologie. La Fédération de la Meuse pour la pêche a entrepris dès 2014 des travaux de restauration pour y remédier.
