Le seuil de la ferme du château d'Imbleville, sur la Saâne, fleuve de première catégorie piscicole classé en liste 2, constituait un obstacle à la continuité écologique. En 2011, un projet d'effacement a été engagé pour rétablir le libre transit des sédiments et des poissons migrateurs.
La Béthune, cours d'eau classé en listes 1 et 2 au titre de l'article L214-17, doit voir ses ouvrages gérés, entretenus et équipés pour assurer le transport des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. Le seuil du moulin Bleu, en Seine-Maritime, a été effacé pour répondre à cette exigence.
Le Rétin, cours d'eau de première catégorie piscicole en Haute-Marne, a un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, son espèce repère. Sur les conseils de la Fédération de pêche du département, une restauration hydromorphologique a été engagée à Courcelles-sur-Blaise.
Les AAPPMA ont notamment pour rôle de signaler aux fédérations départementales les tronçons dégradés nécessitant une restauration. C'est dans ce cadre que la Fédération de la Haute-Marne a engagé la restauration hydromorphologique du ruisseau des Petites Varennes.
Entre 2011 et 2012, des pêcheurs ont régulièrement signalé à la Fédération de l'Yonne l'encombrement d'un tronçon de la Cure, rivière de première catégorie piscicole entre Nièvre et Yonne où la truite fario est l'espèce repère. Un chantier de gestion des embâcles a été engagé.
Entre 1999 et 2001, la Fédération de l'Yonne a mené un inventaire des zones potentiellement favorables à la reproduction du brochet sur tout le département. Le site d'Hauterive, identifié dans cet inventaire, a depuis fait l'objet d'un projet de restauration de frayère.
Le lieu-dit « Champs trouvés », à Flogny-la-Chapelle, est un ancien lit de l'Armançon recensé comme zone potentiellement favorable à la reproduction du brochet par un inventaire de la Fédération de l'Yonne (1999-2001). Un projet de restauration de frayère y a depuis été engagé.
Entre 1999 et 2001, la Fédération de l'Yonne a réalisé un inventaire des zones potentiellement favorables à la reproduction du brochet sur tout le département. Face à la dégradation de ces zones humides, un projet de restauration de frayère a été engagé à Molay.
Le brochet, espèce repère des cours d'eau de seconde catégorie piscicole, voit ses zones de reproduction disparaître du fait du recalibrage et de l'artificialisation des berges, ce qui lui vaut aujourd'hui un statut vulnérable. Une frayère a été restaurée à Champs-sur-Yonne pour répondre à ce déclin.
En 1966, l'Abbaye de la Pierre-qui-Vire a été autorisée à installer sur le Trinquelin, cours d'eau de première catégorie piscicole, un ouvrage alimentant une centrale hydroélectrique 800 m en aval. Sa chute de 0,91 m, infranchissable pour les poissons, a justifié l'installation d'une passe à poissons.
