La Marne, cours d'eau de seconde catégorie piscicole, subit depuis longtemps chenalisation et construction de barrages. Le brochet, carnassier classé « vulnérable » sur la liste rouge de l'UICN, en pâtit particulièrement. Deux frayères ont été restaurées en rive droite de la Marne, dans l'Aisne.
Le brochet remonte les cours d'eau en hiver pour trouver, lors des crues printanières, un site de reproduction dans les annexes alluviales à faible courant, où les femelles pondent sur la végétation herbacée. Un ancien méandre de la Vesle, dans l'Aisne, a été restauré pour retrouver cette fonction.
Le ruisseau de Fourchamp, affluent de l'Artoise labellisée « rivière sauvage », et le Grand Riaux, affluent du Gland classé « réservoir biologique », traversent la forêt domaniale de Saint-Michel, dans l'Aisne. La Fédération de pêche y a engagé des travaux de restauration de la continuité écologique.
Le brochet, espèce repère des rivières de seconde catégorie piscicole, a besoin d'annexes hydrauliques inondées pendant la période de frai, de février à mi-mai, et connectées au cours d'eau. La frayère de Surgy, à Pousseaux, dans la Nièvre, a été restaurée pour retrouver cette fonctionnalité.
Pour se reproduire, le brochet a besoin d'annexes latérales au cours d'eau, peu profondes, riches en végétation aquatique et inondables de février à juin. C'est ce type de zone humide qui a été restauré sur l'Île au Noyer, en Seine-Maritime, pour favoriser la reproduction de l'espèce.
Le seuil de la ferme du château d'Imbleville, sur la Saâne, fleuve de première catégorie piscicole classé en liste 2, constituait un obstacle à la continuité écologique. En 2011, un projet d'effacement a été engagé pour rétablir le libre transit des sédiments et des poissons migrateurs.
La Béthune, cours d'eau classé en listes 1 et 2 au titre de l'article L214-17, doit voir ses ouvrages gérés, entretenus et équipés pour assurer le transport des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. Le seuil du moulin Bleu, en Seine-Maritime, a été effacé pour répondre à cette exigence.
Le Rétin, cours d'eau de première catégorie piscicole en Haute-Marne, a un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, son espèce repère. Sur les conseils de la Fédération de pêche du département, une restauration hydromorphologique a été engagée à Courcelles-sur-Blaise.
Les AAPPMA ont notamment pour rôle de signaler aux fédérations départementales les tronçons dégradés nécessitant une restauration. C'est dans ce cadre que la Fédération de la Haute-Marne a engagé la restauration hydromorphologique du ruisseau des Petites Varennes.
Entre 2011 et 2012, des pêcheurs ont régulièrement signalé à la Fédération de l'Yonne l'encombrement d'un tronçon de la Cure, rivière de première catégorie piscicole entre Nièvre et Yonne où la truite fario est l'espèce repère. Un chantier de gestion des embâcles a été engagé.
