Le Rû du Vigneux, affluent rive droite de la Serre dans l'Aisne, a été identifié comme ruisseau pépinière pour la reproduction d'espèces de première catégorie, notamment la truite fario, qui se reproduit dans des zones peu profondes à courant modéré. Une restauration hydromorphologique y a été engagée.
Selon une étude publiée dans la revue Nature, 68 % des obstacles à l'écoulement des rivières européennes mesurent moins de 2 mètres de haut. Leur point commun : ils sont difficiles à recenser, et donc largement sous-estimés dans l'évaluation de la fragmentation des cours d'eau.
La Laigne, cours d'eau de Côte-d'Or, a connu comme beaucoup de rivières françaises des actions de curage et de recalibrage, qui ont banalisé son lit et raréfié les habitats disponibles pour les poissons. Un projet de restauration hydromorphologique y a été engagé.
En France métropolitaine, un ouvrage bloquant la continuité écologique est recensé en moyenne tous les 5 km de cours d'eau. À Esquéhéries, dans l'Aisne, la Fédération de pêche a engagé l'effacement du seuil du moulin pour rétablir la continuité sédimentaire et piscicole du cours d'eau.
Classé « vulnérable » sur la liste rouge de l'UICN, le brochet décline notamment à cause de la disparition de ses zones de reproduction, où il pond sur un substrat enherbé et peu profond. La Fédération de pêche de la Marne a restauré la zone humide du moulin de Chaudefontaine pour ce type d'habitat.
En automne, les géniteurs de truite fario remontent les cours d'eau à la recherche de frayères peu profondes, à courant modéré, sur un substrat de graviers et de cailloux. Sur l'Ourcq, dans l'Aisne, l'habitat salmonicole a été restauré pour retrouver ces conditions de reproduction.
Le brochet, espèce emblématique de nos rivières, voit ses populations décliner, notamment à cause de la canalisation des cours d'eau et du dysfonctionnement des zones humides où il se reproduit. À Guise, dans l'Aisne, la Fédération de pêche a aménagé une frayère pour restaurer cet habitat.
D'anciens travaux de recalibrage et un manque d'entretien de la végétation rivulaire ont dégradé l'hydromorphologie de l'Auxois, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dans la Nièvre : colmatage du substrat, incision du lit mineur. Une restauration a été engagée à Ruages pour y remédier.
La Cousances, cours d'eau de première catégorie piscicole dans la Meuse, accueille loche franche, vairon et truite fario, son espèce repère. La reproduction naturelle n'y étant plus suffisante depuis plusieurs années, une restauration hydromorphologique a été engagée à Souilly.
Le silure glane, espèce indigène dans une grande partie de l'Europe, a disparu de France pendant plusieurs siècles avant de recoloniser le territoire via des déversements successifs. Une étude suit désormais ses déplacements à la passe à poissons du barrage du Carandeau, dans l'Oise.
