La ripisylve offre des abris pour la faune piscicole et une grande diversité d'habitats ; les racines des arbres participent au maintien des berges et à l'épuration de l'eau. Sur l'Yonne, à Corbigny, dans la Nièvre, un projet a permis de restaurer cette ripisylve indispensable à la vie du cours d'eau.
D'anciens travaux de recalibrage et un manque d'entretien de la végétation rivulaire ont dégradé l'hydromorphologie de l'Auxois, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dans la Nièvre : colmatage du substrat, incision du lit mineur. Une restauration a été engagée à Ruages pour y remédier.
Pour se reproduire, la truite fario recherche des zones peu profondes, bien oxygénées, au courant vif, avec un substrat de petits cailloux et de graviers. Pour restaurer ces habitats de reproduction, la Fédération de pêche de la Nièvre a mené des travaux de continuité écologique sur cinq affluents de l'Yonne.
Le ruisseau de Sardy, affluent de l'Yonne dans la Nièvre, reste une masse d'eau très peu documentée. La Fédération de la Nièvre pour la Pêche et la Protection du Milieu Aquatique a engagé une étude pour en recenser le potentiel biologique et mieux orienter les actions de préservation à venir.
Le brochet, espèce repère des rivières de seconde catégorie piscicole, a besoin d'annexes hydrauliques inondées pendant la période de frai, de février à mi-mai, et connectées au cours d'eau. La frayère de Surgy, à Pousseaux, dans la Nièvre, a été restaurée pour retrouver cette fonctionnalité.
Entre 2011 et 2012, des pêcheurs ont régulièrement signalé à la Fédération de l'Yonne l'encombrement d'un tronçon de la Cure, rivière de première catégorie piscicole entre Nièvre et Yonne où la truite fario est l'espèce repère. Un chantier de gestion des embâcles a été engagé.
La ripisylve, végétation qui pousse en bord de cours d'eau, joue un rôle important dans la préservation de leur hydromorphologie et la protection des berges. Conformément à l'article L215-14 du code de l'environnement, un entretien a été réalisé à Arleuf et Château-Chinon-Campagne, dans la Nièvre.
