Entre 1999 et 2001, la Fédération de l'Yonne a réalisé un inventaire des zones potentiellement favorables à la reproduction du brochet sur tout le département. Face à la dégradation de ces zones humides, un projet de restauration de frayère a été engagé à Molay.
Le brochet, espèce repère des cours d'eau de seconde catégorie piscicole, voit ses zones de reproduction disparaître du fait du recalibrage et de l'artificialisation des berges, ce qui lui vaut aujourd'hui un statut vulnérable. Une frayère a été restaurée à Champs-sur-Yonne pour répondre à ce déclin.
En 1966, l'Abbaye de la Pierre-qui-Vire a été autorisée à installer sur le Trinquelin, cours d'eau de première catégorie piscicole, un ouvrage alimentant une centrale hydroélectrique 800 m en aval. Sa chute de 0,91 m, infranchissable pour les poissons, a justifié l'installation d'une passe à poissons.
L'hydromorphologie d'un cours d'eau détermine la diversité des habitats disponibles pour la faune aquatique. Un projet de restauration a été engagé sur les communes de Virey-sous-Bar, Landreville et les Riceys, dans l'Aube.
La Durdent, cours d'eau de première catégorie piscicole classé en liste 2 au titre de l'article L214-17, doit voir ses ouvrages gérés et équipés pour assurer la libre circulation des poissons. Une passe à poissons a été installée au moulin de Montmorency pour répondre à cette exigence.
À la fin des années 1990, la Fédération de l'Yonne constatait un déficit de frayères fonctionnelles pour le brochet. Deux frayères ont depuis été restaurées à Auxerre et Monéteau.
Le brochet, espèce emblématique de nos rivières, se reproduit dans des frayères — annexes hydrauliques latérales inondées de février à mai et riches en végétation herbacée. Une telle zone humide a été restaurée sur l'Armançon, à Tanlay, dans l'Yonne.
Pour se reproduire, le brochet rejoint des frayères, annexes humides du cours d'eau principal. Sur l'Yonne, la Fédération de pêche a constaté que très peu étaient fonctionnelles et en a dressé l'inventaire, avant de restaurer celle d'Appoigny.
La ripisylve, végétation qui pousse en bord de cours d'eau, joue un rôle important dans la préservation de leur hydromorphologie et la protection des berges. Conformément à l'article L215-14 du code de l'environnement, un entretien a été réalisé à Arleuf et Château-Chinon-Campagne, dans la Nièvre.
Les zones humides rendent de nombreux services : qualité de l'eau, recharge des nappes phréatiques, régulation des flux hydriques, réservoir de biodiversité. Le brochet en a notamment besoin pour compléter son cycle de vie. L'annexe hydraulique des Fontaines, à Pignicourt, dans l'Aisne, a été restaurée pour retrouver cette fonction.
