Le brochet est une espèce bioindicatrice : sa présence ou son absence renseigne sur l'état du milieu. Le succès de sa reproduction dépend de zones humides fonctionnelles, connectées à la rivière, avec un substrat de ponte adapté. Une étude de radiopistage éclaire ses déplacements sur la Seine.
La Durdent, fleuve côtier de Seine-Maritime classé en liste 2, doit voir ses ouvrages gérés et équipés pour assurer le transport des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. Un ancien site de pisciculture à Héricourt-en-Caux constituait justement un obstacle à cette continuité, aujourd'hui restauré.
Le Rû du Vigneux, affluent rive droite de la Serre dans l'Aisne, a été identifié comme ruisseau pépinière pour la reproduction d'espèces de première catégorie, notamment la truite fario, qui se reproduit dans des zones peu profondes à courant modéré. Une restauration hydromorphologique y a été engagée.
La continuité écologique, c'est la libre circulation des poissons et des sédiments, mise à mal par la présence de barrages ou de buses sur les cours d'eau. Pour la rétablir sur la Soude et la Somme-Soude, un projet de restauration a été engagé dans la Marne.
Le ruisseau du Vivier, de première catégorie piscicole, présente une bonne qualité d'eau, mais le piétinement régulier du bétail dégrade son hydromorphologie : érosion des berges, absence de ripisylve, incision du lit. Un projet de restauration a été engagé à Andelot-Blancheville, en Haute-Marne.
La Laigne, cours d'eau de Côte-d'Or, a connu comme beaucoup de rivières françaises des actions de curage et de recalibrage, qui ont banalisé son lit et raréfié les habitats disponibles pour les poissons. Un projet de restauration hydromorphologique y a été engagé.
Classé « vulnérable » sur la liste rouge de l'UICN, le brochet décline notamment à cause de la disparition de ses zones de reproduction, où il pond sur un substrat enherbé et peu profond. La Fédération de pêche de la Marne a restauré la zone humide du moulin de Chaudefontaine pour ce type d'habitat.
Pour se reproduire, le brochet a besoin d'annexes latérales au cours d'eau, peu profondes, riches en végétation aquatique et inondables de février à juin. C'est ce type de zone humide qui a été restauré sur l'Île au Noyer, en Seine-Maritime, pour favoriser la reproduction de l'espèce.
Le seuil de la ferme du château d'Imbleville, sur la Saâne, fleuve de première catégorie piscicole classé en liste 2, constituait un obstacle à la continuité écologique. En 2011, un projet d'effacement a été engagé pour rétablir le libre transit des sédiments et des poissons migrateurs.
Dans la Seine, en Seine-et-Marne, et dans les marais de l'Aure, dans le Calvados, le marquage des brochets a démarré en septembre 2019. Capturés par pêche électrique puis anesthésiés, les poissons reçoivent un émetteur en cavité abdominale, permettant de suivre par radio-télémétrie leurs déplacements sur les deux sites.
