La continuité écologique, c'est la libre circulation des poissons et des sédiments, mise à mal par la présence de barrages ou de buses sur les cours d'eau. Pour la rétablir sur la Soude et la Somme-Soude, un projet de restauration a été engagé dans la Marne.
En France métropolitaine, un ouvrage bloquant la continuité écologique est recensé en moyenne tous les 5 km de cours d'eau. À Esquéhéries, dans l'Aisne, la Fédération de pêche a engagé l'effacement du seuil du moulin pour rétablir la continuité sédimentaire et piscicole du cours d'eau.
Pour se reproduire, la truite fario recherche des zones peu profondes, bien oxygénées, au courant vif, avec un substrat de petits cailloux et de graviers. Pour restaurer ces habitats de reproduction, la Fédération de pêche de la Nièvre a mené des travaux de continuité écologique sur cinq affluents de l'Yonne.
Le ruisseau de Fourchamp, affluent de l'Artoise labellisée « rivière sauvage », et le Grand Riaux, affluent du Gland classé « réservoir biologique », traversent la forêt domaniale de Saint-Michel, dans l'Aisne. La Fédération de pêche y a engagé des travaux de restauration de la continuité écologique.
Le seuil de la ferme du château d'Imbleville, sur la Saâne, fleuve de première catégorie piscicole classé en liste 2, constituait un obstacle à la continuité écologique. En 2011, un projet d'effacement a été engagé pour rétablir le libre transit des sédiments et des poissons migrateurs.
La Béthune, cours d'eau classé en listes 1 et 2 au titre de l'article L214-17, doit voir ses ouvrages gérés, entretenus et équipés pour assurer le transport des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. Le seuil du moulin Bleu, en Seine-Maritime, a été effacé pour répondre à cette exigence.
En 1966, l'Abbaye de la Pierre-qui-Vire a été autorisée à installer sur le Trinquelin, cours d'eau de première catégorie piscicole, un ouvrage alimentant une centrale hydroélectrique 800 m en aval. Sa chute de 0,91 m, infranchissable pour les poissons, a justifié l'installation d'une passe à poissons.
La Durdent, cours d'eau de première catégorie piscicole classé en liste 2 au titre de l'article L214-17, doit voir ses ouvrages gérés et équipés pour assurer la libre circulation des poissons. Une passe à poissons a été installée au moulin de Montmorency pour répondre à cette exigence.
Le Dolloir, cours d'eau de première catégorie de l'Aisne, offre un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, mais reste cloisonné par une dizaine d'obstacles transversaux. Parmi eux, le seuil de l'ancienne pisciculture d'Essises a fait l'objet d'un projet de restauration de la continuité écologique.
La Dhuys, cours d'eau de l'Aisne à fort potentiel pour la reproduction des salmonidés, nécessite une remontée jusqu'aux frayères en tête de bassin versant pour que ces poissons accomplissent leur cycle de vie. L'ancien seuil du moulin de Ragrenet, obstacle à ces migrations, a été effacé.
