La ripisylve, ensemble des formations végétales en bord de cours d'eau, offre à la fois une diversité d'habitats pour la faune aquatique et un ombrage qui contribue à réguler la température de l'eau. Une ripisylve a été plantée à Gamaches, dans la Somme, pour retrouver ces bénéfices.
Le Rû du Vigneux, affluent rive droite de la Serre dans l'Aisne, a été identifié comme ruisseau pépinière pour la reproduction d'espèces de première catégorie, notamment la truite fario, qui se reproduit dans des zones peu profondes à courant modéré. Une restauration hydromorphologique y a été engagée.
Le ruisseau du Vivier, de première catégorie piscicole, présente une bonne qualité d'eau, mais le piétinement régulier du bétail dégrade son hydromorphologie : érosion des berges, absence de ripisylve, incision du lit. Un projet de restauration a été engagé à Andelot-Blancheville, en Haute-Marne.
La Laigne, cours d'eau de Côte-d'Or, a connu comme beaucoup de rivières françaises des actions de curage et de recalibrage, qui ont banalisé son lit et raréfié les habitats disponibles pour les poissons. Un projet de restauration hydromorphologique y a été engagé.
En automne, les géniteurs de truite fario remontent les cours d'eau à la recherche de frayères peu profondes, à courant modéré, sur un substrat de graviers et de cailloux. Sur l'Ourcq, dans l'Aisne, l'habitat salmonicole a été restauré pour retrouver ces conditions de reproduction.
D'anciens travaux de recalibrage et un manque d'entretien de la végétation rivulaire ont dégradé l'hydromorphologie de l'Auxois, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dans la Nièvre : colmatage du substrat, incision du lit mineur. Une restauration a été engagée à Ruages pour y remédier.
La Cousances, cours d'eau de première catégorie piscicole dans la Meuse, accueille loche franche, vairon et truite fario, son espèce repère. La reproduction naturelle n'y étant plus suffisante depuis plusieurs années, une restauration hydromorphologique a été engagée à Souilly.
Le Rétin, cours d'eau de première catégorie piscicole en Haute-Marne, a un fort potentiel d'accueil pour la truite fario, son espèce repère. Sur les conseils de la Fédération de pêche du département, une restauration hydromorphologique a été engagée à Courcelles-sur-Blaise.
Les AAPPMA ont notamment pour rôle de signaler aux fédérations départementales les tronçons dégradés nécessitant une restauration. C'est dans ce cadre que la Fédération de la Haute-Marne a engagé la restauration hydromorphologique du ruisseau des Petites Varennes.
Entre 2011 et 2012, des pêcheurs ont régulièrement signalé à la Fédération de l'Yonne l'encombrement d'un tronçon de la Cure, rivière de première catégorie piscicole entre Nièvre et Yonne où la truite fario est l'espèce repère. Un chantier de gestion des embâcles a été engagé.
