La Romanée, classée en listes 1 et 2 au titre de l'article L214-17 du code de l'environnement, joue un rôle de réservoir biologique où les espèces peuvent accomplir l'ensemble de leur cycle de vie. Un projet a permis l'effacement de l'étang de Bussières pour rétablir la libre circulation des poissons et des sédiments.
La ripisylve offre des abris pour la faune piscicole et une grande diversité d'habitats ; les racines des arbres participent au maintien des berges et à l'épuration de l'eau. Sur l'Yonne, à Corbigny, dans la Nièvre, un projet a permis de restaurer cette ripisylve indispensable à la vie du cours d'eau.
Les géniteurs de brochets se reproduisent dans des zones humides fonctionnelles, connectées au cours d'eau et submergées une partie de l'année, mais l'anthropisation des milieux aquatiques a fait perdre cette connectivité à plusieurs zones alluviales de l'Aube et de la Seine, aujourd'hui restaurées.
Depuis le début du XXe siècle, 67 % des zones humides ont disparu en France métropolitaine, alors que ces écosystèmes sont essentiels à l'équilibre fluvial, à la qualité de l'eau et à la vie des espèces. À Brissy-Hamégicourt, dans l'Aisne, une annexe hydraulique a été restaurée pour inverser cette tendance.
La ripisylve, ensemble des formations végétales en bord de cours d'eau, offre à la fois une diversité d'habitats pour la faune aquatique et un ombrage qui contribue à réguler la température de l'eau. Une ripisylve a été plantée à Gamaches, dans la Somme, pour retrouver ces bénéfices.
La Durdent, fleuve côtier de Seine-Maritime classé en liste 2, doit voir ses ouvrages gérés et équipés pour assurer le transport des sédiments et la circulation des poissons migrateurs. Un ancien site de pisciculture à Héricourt-en-Caux constituait justement un obstacle à cette continuité, aujourd'hui restauré.
Depuis le début du XXe siècle, la disparition des zones humides est estimée à 67 % en France. Le brochet, qui fréquente ces annexes alluviales pour se reproduire, en pâtit particulièrement. Sur l'Ourcq, dans l'Aisne, la Fédération de pêche a restauré une frayère pour l'espèce.
Le Rû du Vigneux, affluent rive droite de la Serre dans l'Aisne, a été identifié comme ruisseau pépinière pour la reproduction d'espèces de première catégorie, notamment la truite fario, qui se reproduit dans des zones peu profondes à courant modéré. Une restauration hydromorphologique y a été engagée.
La continuité écologique, c'est la libre circulation des poissons et des sédiments, mise à mal par la présence de barrages ou de buses sur les cours d'eau. Pour la rétablir sur la Soude et la Somme-Soude, un projet de restauration a été engagé dans la Marne.
L'Armance, cours d'eau de seconde catégorie piscicole dont le brochet est l'espèce repère, a besoin de zones humides fonctionnelles pour la reproduction de l'espèce. La Fédération de pêche de l'Aube a restauré la continuité latérale entre le cours d'eau et une frayère à Avreuil.
